Pada babak 6 besar, Tornado FC keluar sebagai Juara Grup X, sementara Sumut United FC keluar sebagai Juara Grup Y.
Keduanya berhak melaju ke babak final dan secara otomatis promosi ke Liga 2 pada musim depan.
Pada babak final, Sumut United FC berhasil mengalahkan Tornado FC dengan skor telak 4-1.
Baca Juga:PSGC Ciamis Takluk pada Babak Adu Penalti, Persiba Balikpapan Promosi ke Liga 2 Musim DepanCalvin Verdonk Bakal Punya Saingan Baru, PSSI sedang Kebut Naturalisasi Pemain Inti Go Ahead Eagles
Hasil ini mengantarkan Sumut United FC menjadi kampiun Liga 3 Nusantara musim 2024-2025.
Berikutnya, tim yang menempati posisi kedua di masing-masing grup bertarung di babak playoff promosi untuk mendapatkan tiket menuju Liga 2.
PSGC keluar sebagai tim runner up Grup X melaju ke babak playoff promosi untuk berhadapan dengan Persiba Balikpapan yang menempati posisi kedua Grup Y.
Pada babak playoff promosi Liga 2, Persiba berhasil memenangkan laga melalui drama adu penalti.
Persiba unggul 4-3 atas PSGC Ciamis sehingga berhak menyusul Tornado FC dan Sumut United FC ke Liga 2 pada musim 2025-2026. Sementara itu, PSGC terpaksa bertahan di Liga 3.
Selanjutnya, Persekabpas dan NZR Sumbersari yang menghuni juru kunci di masing-masing grup babak 6 besar dipastikan bertahan di Liga 3.
Rekap Tim yang Promosi ke Liga 2, Bertahan di Liga 3 dan Degradasi ke Liga 4
Promo ke Liga 2:
Tornado FC
Sumut United FC
Persiba Balikpapan
Bertahan di Liga 3:
Perserang Serang
Waanal Brothers
Persiba Bantul
PSDS Deli Serdang
Persekabpas Pasuruan
NZR Sumbersari
PSGC
Degradasi ke Liga 4:
PSM Kota Madiun
PCB Persipasi
757 Kepri Jaya FC
PSCS Cilacap
Persikab Kabupaten Bandung